한방에서는 미나리를 수근(水芹) 혹은 수영(水英)이라 한다. 동의보감에는 "맛이 달고, 독이 없어 갈증을 그치게 하고, 정신을 맑게 하고 술 마신 뒤의 열독(熱毒)을 풀어주며, 여자들의 대하와 어린이들의 갑작스런 열을 그치게 하는데도 좋다"고 하였다. 시원한 성질을 가져 몸속의 열을 풀어줌을 알 수 있다. 봄이 되면 대사 및 활동량 증가에 따른 무기력 현상과 어지럼증 등의 춘곤증 증상이 나타난다. 이때 봄의 싱싱한 기운을 잔뜩 머금은 미나리가 이 춘곤증 개선에 상당히 효과적이다.

흔히 미나리가 피를 맑게 하고 간을 해독하는 작용이 있다고 한다. 실제 실험에서도 콜레스테롤 수치를 낮추기도 하고, 담즙 분비를 촉진하는 작용이 있어 간 질환을 예방·치료하는데 도움을 주는 것으로 확인됐다. 또, 혈압을 낮추어 주기도 한다.

특히 나물로 먹을 경우, 미나리의 풍부한 식이섬유가 대장내벽을 자극해 장운동을 촉진해 변비 해소에도 효과적이다. 흔히 민간에서는 토사곽란이나 오줌소태, 대하증, 볼거리나 연탄가스 중독의 후유증에 미나리를 달여 먹거나 즙을 내어 마시는 경우를 많이 볼 수가 있다. 녹즙의 재료로도 추천할 만하다.