기독교회의 초창기인 A.D. 1세기와 2세기경에는 일정한 거처 없이 마을을 순회하는 전도자들과 교사들이 있었는데, 이들은 이곳저곳을 여행하면서 복음을 전하였다. 그리스도인들은 보통 이들을 집으로 맞아들여 가르침을 받았으며, 그들이 떠날 때는 여행을 위한 여비를 마련해주었다. 그런데 이단과 거짓 교사들도 이와 같이 기독교의 전도자, 교사들과 같은 방법으로 그들의 사상을 전하였다.
따라서 본서는 그리스도인들이 잘 모르는 가운데 이단사상의 전파에 협조하는 일이 없도록, 또한 이단 전도자들을 잘 분별하라고 권면하기 위해 기록되었다. 이것은 당시에도 유사 이단들이 많은 사람을 미혹하고 있다는 것을 단적으로 보여주는 좋은 예이다.
요한 2서의 각 부분별 주제는 모두 네 부분으로 이루어져 있는데 그것은 1. 인사(1:1-3), 2. 사랑의 계명(1:4-6), 3. 미혹하는 자에 대한 경계(1:7-11), 4. 결론(1:12-13) 로 나눠진다.

요한2서의 핵심어는 "진리"와 "행함"이다. 이 진리에 대한 주제는 요한2서에서 두드러지게 나타난다. 진리 안에 있는 신자는 사랑과 참된 지식과 기쁨 가운데에서 생활해야 한다. 요한은 그의 사도적 권위를 내세워서 이런 순종의 삶을 살라고 명령한다.

우리도 이 어지러운 세상을 살아가는 동안에 만날 수많은 거짓 선지자들을 경계하며 그들에 대한 올바른 정보와 또한 우리가 가지고 있는 건강한 모습들을 제대로 알아서 참된 말씀이 주는 진리와 기쁨 안에서 살아가는 바른 성도가 되어야 한다.