바울이 디모데를 "나의 사랑하는 아들"이라 지칭한 것으로 보아, 그들의 관계는 매우 친밀하였다. 또 디모데의 개인적인 성장 배경과 그의 가족에 대해서도 언급하면서, 그가 사역을 할 때 알아야 할 지침들을 설명하였다.

바울은 죽음이 임박했다 것을 예상하고 있었다. 바울은 디모데가 더욱 그리스도 안에서 강건하여져 주의 군사로서의 사역에 충실토록 권면한다.

바울은 또한 거짓 교사들의 가르침에 대해 그들의 변론에 휘말리지 말고, 확고한 진리의 말씀에 거하며, 바른 교훈을 받아들인 자답게 다른 사람들에게 진리를 가르치도록 권면한다. 이러한 권면의 말씀과 더불어, 앞으로 역경과 핍박의 때가 올 것임을 또한 예상하여 언급하였다. 이러한 환난은 주 예수의 재림이 임박했다는 것을 알리는 세상 마지막 날의 주요한 표징이자 특징이 된다. 그러나 "능히 너로 하여금 그리스도 예수 안에 있는 믿음으로 말미암아 구원에 이르는 지혜가 있게"(3:15)하는 거룩한 말씀을 알고 그 말씀을 실천함으로써, 환난을 견디고 적그리스도의 영을 가진 자들을 능히 물리칠 수 있을 것이다.

디모데후서의 핵심어는 "인내"와 "가르침"이다. 바울은 자신이 감옥에 갇혀있는 동안에도 강건하게 지내는 것처럼 예수 그리스도의 선한 군사로서 디모데에게 닥칠 모든 시련들을 잘 견디라고 권면한다. 그는 또한 디모데에게 청년의 정욕을 피하고 믿음과 의로운 가운데에서 생활하라고 훈계한다. 뿐만 아니라 바울은 디모데에게 이 다음에 다른 사람들을 마찬가지로 가르치게 될 신실한 자들에게 하나님의 말씀을 가르치라고 명령한다.