이 책의 명칭은 이 책을 쓰고 동시에 책의 주인공인 "요나"의 이름을 따라 붙여졌다. 요나는 아밋대의 아들로 그 이름의 뜻은 "비둘기"이다.

온 우주의 창조주이신 하나님께서는 이방인들에게 지대한 관심을 갖고 계신다. 그리고 하나님께서 이스라엘을 선택하신 것은 그들을 통해서 이방인들도 구원하시기 위함이었다. 곧 하나님은 이스라엘의 구원 역사 속에서 모든 열방들에게 구원을 베풀기 위해 접근하신다.
그러나 이스라엘은 하나님의 이러한 목적들을 이루는데 불성실했다. 그러나 요나서는 이스라엘의 불순종에도 불구하고, 하나님의 목적들은 결코 막을 수 없다는 사실을 명백하게 보여주고 있다. 즉 "선택된 민족" 이스라엘의 편협하고 왜곡된 정신을 상징하는 요나는 하나님에 의해 자신의 뜻과 달리 니느웨에 하나님의 긍휼을 전하는 사명을 완수하게 된 것이다.

요나서의 핵심어는 물고기와 순종이다. 큰 물고기가 요나를 삼킨 사건은 요나의 종말을 의미하지는 않는다. 이 사건은 오히려 선지자를 구원하시기 위해서 하나님이 뻗치신 손과 같은 것이다. 물고기 뱃속에 있는 동안 그는 회개하였고 다시 큰 구원을 선포할 수 있는 기회가 그에게 주어졌다. 많은 사람들은 요나가 순종하고 니느웨로 간 행동을 복음을 전하려고 하는 큰 열정으로 이해하고 있다.

요나서를 보며 오늘 하나님께서는 우리에게 올바른 순종의 길로 걸을 수 있도록 기회를 주시며 언제나 우리에게 강조되는 하나님의 뜻을, 올바른 삶의 목적을 깨닫는 지혜를 얻어야 하겠다.