빌레몬은 골로새 교회의 중요한 인물이었다. 그는 그리스도와 신자들을 사랑했고, 그 사랑을 행동으로 나타냈다. 그는 바울의 전도를 받고 예수님을 믿게 되었다. 새로워진 빌레몬을 통해 그의 가족들도 신앙을 갖게 되었다. 신자들은 빌레몬의 집에서 정규적으로 예배를 드렸던 것 같다.

한편, 오네시모는 빌레몬의 노예였다. 이 노예는 주인집에서 도망하여 멀리 로마까지 갔다. 로마에서 노예 오네시모는 바울을 만났다. 빌레몬이 사도 바울을 통해 복음으로 새롭게 된 것처럼, 노예 오네시모도 바울의 전도를 받고 신자가 되어 변화된 사람이 되었다.

당시 로마의 노예 법은 가혹했다. 주인은 노예에 대하여 무제한의 권력을 가졌고, 노예의 생사(生死)는 완전히 주인의 손 안에 있었다. 하물며 오네시모는 주인에게서 도주하였을 뿐 아니라 주인의 재물까지 가지고 갔으므로, 그의 죄는 엄청난 것이었다. 그래서 바울은 주인 빌레몬에게 보내는 편지와 함께 오네시모를 돌려보낸다. 그 편지가 바로 본서이다.
바울은 빌레몬에게 상전과 노예의 관계를 초월하여, 그리스도 안에서 형제로서 종 오네시모를 용서하고 환영해 달라고 정중하게 요청한다.

빌레몬서의 핵심어는 "노예"와 "유익"이다. 바울은 영적으로는 예수 그리스도에게 갇힌 자이고 육체적으로는 로마 감옥에 갇혀있다. 그래서 그는 빌레몬의 노예인 오네시모가 갚아야 할 대가를 잘 알고 있었다. 바울은 11절에서 오네시모란 이름이 의미하는 "유익함"이란 말을 사용하여 오네시모의 변화된 모습을 알려주고 그를 형제로서 받아들이라고 권면한다.